第三季跟第二季时空相隔三年，反恐小组的托尼跟米歇尔结婚了，杰克的女儿金加入了反恐小组当电脑分析员，跟父亲下属切斯发生了感情；令人意外的是杰克为调查毒贩当卧底不幸染上毒瘾；总统帕尔玛康复后身边多了个私人医生女友，而总统的弟弟韦恩则成为他的得力助手，面对连任的压力，又要化解生化危机。 故事一开始，一具被病毒污染的尸体被送进了洛杉矶，除非释放刚被送入监狱的墨西哥贩毒集团头目雷蒙&
