1889 年，巴黎，在万国博览会会场喜欢发明的少年让与带着小狮子的少女娜蒂亚偶然相遇了。 这时出现的是以娜蒂亚胸前所佩的不可思议的蓝宝石为目标的格兰蒂斯为首三人组。在格兰蒂斯一伙的追击中让与娜蒂亚出乎意外的冒险旅程开始了。 谜一般的组织尼奥亚特兰蒂斯，娜蒂亚的真实身份，以及万能潜水艇鹦鹉螺号……冒险中的相遇和离别，蓝宝石所隐藏的秘密是？
